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クラスオブジェクトはシャローコピーなので、プログラムをクラスベース（オブジェクト指向）で作っていると、インスタンスの状況が分かりづらくなります。

それはPHPでも同じ。

インスタンスがどこを見てるかを確認できるのが変数の値を出力する var_dump() です。